Святая вода обновляет человека, очищает от духовных скверн, освящает и укрепляет. Православные впервые окунаются в неё при крещении, когда священник трижды погружает их в купель. В этом таинстве омываются греховные нечистоты, человек обновляется и возрождается к новой жизни во Христе.
Великая святыня гасит пламя страстей, отгоняет злых духов. Ею окропляют верующих в крестных ходах и во время молебнов. Она обязательно присутствует при освящении храмов и всех предметов, использующихся в богослужении, а также жилых домов, построек, любых бытовых предметов.
В день Богоявления каждый православный христианин несет домой сосуд со святой водой, бережно хранит ее рядом с иконами, с молитвой причащаясь в душевном унынии, болезнях и всякой немощи. Крещенская вода, как и святое причастие, принимается только натощак утром или перед сном. Однако если болезнь очень серьезная, то её можно пить в неограниченном количестве независимо от приема пищи. После приема святой воды нужно помолиться о выздоровлении святому, которому Господь дал дар исцелить тот или иной недуг. Если причина болезни неизвестна, необходимо прочесть общую молитву о здравии ко Господу.
Преподобный Серафим после исповеди паломников всегда давал им вкушать из чаши Богоявленской воды. Преподобный Амвросий смертельно больному посылал бутылку со святой водой, и неизлечимая болезнь отступала. Старец иеросхимонах Серафим Вырицкий советовал окроплять продукты и пищу Иорданской (Крещенской) водой, которая, по его словам, «сама все освящает». Старец Серафим благословлял больного принимать её по столовой ложке через каждый час, утверждая, что сильнее лекарств, чем святая вода и освященное масло, нет.
